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No limiar do milênio, a batalha final pelo futuro da humanidade ocorre. O destino de Kamui Shirou foi decidido quando ele voltou a Tóquio para enfrentar seu desafio final. Os Dragões do Céu, defensores da Terra, estão prontos para proteger o mundo dos Dragões da Terra, os sete anjos da lenda, que buscam a devastação do planeta para realizar sua purificação. Agora Kamui deve decidir de que lado lutar, apesar de achar a ideia totalmente desagradável. Somente quando percebe que seus dois amigos de infância, Fuma e Kotori Monou, estão em grave perigo, que Kamui decide aceitar seu destino na luta climática do Ano do Destino: 1999.